一般來說，抽血檢查對于判斷畸胎瘤是否良性有一定的輔助作用，但不能確診。
一些腫瘤標志物檢測在畸胎瘤的評估中有意義，如甲胎蛋白和人絨毛膜促性腺激素。如果畸胎瘤是未成熟畸胎瘤，也就是惡性畸胎瘤，AFP往往會明顯升高，因為未成熟的胚胎組織會大量分泌AFP。而成熟畸胎瘤，多為良性，AFP一般在正常范圍。hCG在一些含有滋養層細胞的畸胎瘤中可能升高。但是，也有部分良性畸胎瘤患者可能會出現腫瘤標志物輕度升高的情況，所以不能單純依靠抽血結果來判定畸胎瘤的良惡性。
除了腫瘤標志物，還需要結合影像學檢查，如超聲、CT或磁共振成像等。超聲可以觀察腫瘤的大小、形態、內部結構等，良性畸胎瘤多表現為邊界清晰、囊性為主，內可有強回聲光團。CT和MRI能更清晰地顯示腫瘤與周圍組織的關系以及腫瘤內部的細節。最終確診畸胎瘤的良惡性還需要依靠手術切除后的病理檢查，病理檢查可以直接觀察腫瘤組織的細胞形態、分化程度等，這才是判斷畸胎瘤性質的金標準。
如果發現畸胎瘤，不要僅依據抽血結果判斷其性質。應及時就醫，醫生會綜合各項檢查結果制定治療方案。如果是良性畸胎瘤且較小，可定期復查觀察；若懷疑惡性或腫瘤較大有壓迫癥狀等，可能需要手術治療，術后根據病理結果決定是否需要進一步化療等輔助治療，且要遵醫囑定期復查。