肛瘺通常不會自愈。

肛瘺是肛管或直腸與會陰皮膚相通的慢性、感染性通道，為肛門直腸周圍膿腫破潰或切口引流的后遺病變，比如肛門腺體膿腫后引流不完全愈合就可能出現該情況，此時一般不會自愈。

如果屬于感染持續性通道，沒有通過有效治療，瘺管的存在允許細菌持續進入，阻礙愈合，造成感染反復發作。并且瘺管位置可能導致周圍組織血供血差，不利愈合。

因此如果不及時治療，肛瘺可能會持續存在并惡化，出現膿腫、肛裂等并發癥。一般建議患者積極配合醫生采取肛瘺切開術進行手術治療，以免延誤病情，導致身體健康受到更為嚴重的損害。

術后做好相應護理，對于促進愈合、預防感染和避免并發癥較為重要。因此建議患者注意保持手術部位清潔，避免使用指甲抓撓手術部位，以防感染。手術初期盡量選擇流質或半流質、低渣的飲食，再逐漸過渡到易消化、富含纖維的食物，以保持大便通暢，避免便秘或腹瀉。