在臨床上子宮內膜異位囊腫的患者有可能會表現為下腹部疼痛，尤其是在月經期，疼痛癥狀會明顯加重。另外，有可能會導致月經異常、不孕等，需要根據具體情況進行分析。
1、下腹部疼痛：主要是具有活性的子宮內膜種植在其他部位，在每次來月經的時候局部會出血，時間長后就形成子宮內膜異位囊腫，在來月經之前盆腔處于充血狀態，所以患者會出現下腹部疼痛的癥狀，在月經期疼痛癥狀會加重。另外，隨著囊腫增大，內部壓力會逐漸增高，因此有可能會導致囊腫破裂而引起內出血，導致急性下腹部疼痛；
2、月經異常：少部分子宮內膜異位囊腫患者有經量增多、經期延長、月經淋漓不盡，或經前期點滴出血等癥狀。若子宮內膜異位囊腫位于卵巢，此時患者盆腔的微環境發生一定改變，會導致卵巢功能異常而出現排卵障礙，還可能導致黃體功能不足，繼而導致月經異常；
3、不孕：在臨床大約有50%的子宮內膜異位囊腫患者可能會出現不孕的情況，因子宮內膜異位囊腫可能會導致排卵異常，繼而可能引起不孕。