寶寶睡著后老是搖晃腦袋，可能是由于生理性因素和病理性因素導致，比如缺乏維生素D和鈣、濕疹等。如果已經影響到寶寶的睡眠，白天出現嗜睡、沒精神等情況，建議家長及時帶寶寶到醫院就診，進行針對性處理。
一、生理性因素：如果寶寶睡覺時環境不佳，如枕頭過硬、過于吵鬧、衣服不舒服等，都可能使寶寶出現睡著后搖晃腦袋的情況。同時由于寶寶本身新陳代謝較快，如果天氣較熱、寶寶被子太厚，導致寶寶頭部出汗，寶寶感覺到頭部不適，就會通過搖晃頭部來緩解癥狀，家長應及時根據情況進行調整，寶寶的不適癥狀會逐漸消失。
二、病理性因素：1、缺乏維生素D和鈣：如果寶寶體內缺乏維生素D和鈣，尤其是在缺鈣質的情況下，容易導致寶寶神經肌肉興奮性增強，使寶寶出現多汗、煩躁不安、夜驚等癥狀，表現為寶寶睡著后老是搖晃腦袋。家長可以遵醫囑適當給寶寶服用維生素AD滴劑、葡萄糖酸鈣鋅口服溶液等藥物治療；
2、濕疹：受環境濕度、溫度刺激或受過敏原刺激等，可能導致寶寶頭部出現濕疹，會伴有嚴重皮膚瘙癢的癥狀，寶寶出現不適感會通過摩擦皮膚緩解，表現為寶寶睡著后老是搖晃腦袋。可遵醫囑使用爐甘石洗劑、丁酸氫化可的松乳膏等藥物局部涂抹，緩解癥狀；
3、其他原因：如消化不良、癲癇、中耳炎、過敏等，均可能導致寶寶睡著后老是搖晃腦袋，需明確病因進行治療。如由于寶寶的胃腸道系統沒有發育成熟，可能會因為喂養不當、腹部受涼等原因使寶寶出現消化不良的情況，如腹脹、腹瀉、腹痛等，進而表現為寶寶睡著后老是搖晃腦袋，可以在醫生的指導下給寶寶服用枯草桿菌二聯活菌顆粒等藥物進行治療。