水丸太多了，通常可以分次用溫水送服，也可嚼碎服用，也可泡成水服用，或是購買濃縮丸，對藥物的效果不會有明顯影響，患者只需要選擇自己可以接受的方式即可，但部分水丸可能要求用特殊液體送服，如黃酒、鹽水等。
大多數水丸都只要求口服，沒有特殊要求，如黃連上清丸(水丸)，一般只要求用水送服即可。如果覺得水丸太多，不能一次吞下，可分多次，一次少量慢慢用水吞服，也可咀嚼后用水送服，也可將水丸研磨后用水沖泡成藥湯，一般都不會影響水丸的效果，還比較方便吞入。另外目前市面上還有濃縮丸，可減少需要吞服藥品的數量，更容易服用。
另外部分水丸可能要求用淡鹽水送服，多見于補腎藥，主要考慮咸味入腎，淡鹽水可引藥下行入腎，能提高藥物的療效，此類藥物建議用淡鹽水送服。另外也有部分藥物為了增強活血行氣的效果，推薦使用黃酒送服，如香附丸，具體可參考說明書。
水丸是一種特殊的中藥劑型，主要是為了方便服用，將藥物磨粉后定型，為了達到治療效果，通常服用數量較多。臨床服用時應注意避免嗆咳，尤其是兒童、老人服用時，應有人陪護。在服用藥物前，需要去醫院中醫科就診，通常望診、脈診等辨證用藥。