水丸和蜜丸的臨床應用及作用特點不同，不能單純地說哪個效果好。水丸用于急性病癥效果較好，蜜丸用于治療慢性、虛損性疾病較好，需要遵醫囑選擇用藥。
1、水丸：又稱之為水泛丸，是指將中藥打粉，用水或者黃酒、藥汁、糖液等賦形劑經泛質而成的丸劑。它的特點是體積小、表面致密光滑，易于吞服，不易吸潮。制藥過程中可根據藥物的性質分層泛丸，可以提高易揮發藥物的穩定性。且水丸容易溶解，發揮效果較快，但是作用時間相對短暫，故而用于治療急性病癥，常見的例如外感表證等；
2、蜜丸：是將中藥打成細粉，以煉蜜為粘合劑制成的丸劑。蜜丸的特點是溶散時緩慢、作用持久、藥物穩定性高，有效成分不容易被破壞，表面不硬化可以塑形。蜜丸主要用于治療慢性、虛損性疾病，臨床上以氣血虧虛以及臟腑虧虛的疾病為主。
需注意，用蜂蜜制成的水丸或者蜜丸對于糖尿病患者都不建議使用，容易使得血糖升高，增加糖尿病并發癥發生的風險。