通常臨床上沒有可以針對性預防皰疹性咽峽炎的疫苗，如果患者對腸道病毒71型較敏感則可以通過注射手足口病疫苗預防皰疹性咽峽炎。具體如下：
皰疹性咽峽炎主要是患者接觸到了由柯薩奇A型病毒或者是腸道病毒71型污染的手或者食品后通過口腔引起咽峽黏膜上皮細胞發(fā)生炎癥反應(yīng)。而手足口病疫苗只針對腸道病毒71型，這種病毒除了引起手足口病之外，也能引起皰疹性咽炎，所以注射手足口病疫苗能夠預防被腸道病毒71型感染的皰疹性咽峽炎患者。而對柯薩奇A型病毒引起的皰疹性咽峽炎則沒有預防的作用的。并不能因為注射手足口病疫苗，就認為不會皰疹性咽峽炎。
對于患有皰疹性咽峽炎的患者，需要注意做好隔離，避免交叉感染。如果患者進食困難及高熱不退應(yīng)適當補液，以防止電解質(zhì)紊亂；出現(xiàn)發(fā)熱時還需要給予物理降溫，如退熱貼、溫水浴、酒精擦浴等，必要時可以使用在專業(yè)醫(yī)師指導下使用鼻噴劑，如糠酸莫米松鼻噴霧劑、丙酸氟替卡松鼻噴霧劑等改善局部不適癥狀。