海藻糖適當食用對人體一般不會有害，但過量食用可能會對身體造成一些傷害，如可能會引起腸胃道不適，也可能會引起血糖波動或身體肥胖。
海藻糖屬于新型天然糖類，通常由兩個葡萄糖分子非還原性雙糖組成，屬于一種典型應激代謝物，可在寒冷、高熱及高滲透壓環境中，在細胞表面形成一層保護膜，幫助保護生物分子結構不被損害，有助于維持生命體征。
但如果過量食用海藻糖，會引起胃腸道刺激，可能會引起腹部脹痛和食欲下降等不良癥狀，具體影響程度因人而異。并且海藻糖屬于糖分偏高的添加劑，如果人體過量攝入，可能會導致體內糖分升高，容易引起糖尿病，如果本身存在糖尿病，則會加重病情。此外，如果體內糖分過多，無法完全消耗代謝，糖分產生堆積后也可能會引起身體肥胖。