HPV檢測全是陰性但有疣體的情況可能涉及檢測誤差、其他病原體感染、自身免疫反應、局部皮膚刺激、隱匿病毒感染等因素，建議及時就醫并遵醫囑用藥。
1、檢測誤差：檢測方法可能存在一定的局限性，導致假陰性結果。患者可以在醫生的指導下重新進行檢測，如采用更靈敏的檢測技術，包括基因分型檢測、雜交捕獲檢測等，以確定是否存在HPV感染。
2、其他病原體感染：疣體不一定是由HPV引起的，可能是其他病原體，如傳染性軟疣病毒等導致。患者應該遵醫囑使用咪喹莫特乳膏、阿昔洛韋乳膏、噴昔洛韋乳膏來嘗試改善癥狀，同時等待進一步檢查明確病原體。
3、自身免疫反應：自身免疫系統異常可能會導致皮膚出現類似疣體的增生物。可以在醫生的指導下使用胸腺肽腸溶片、轉移因子口服溶液等調節免疫功能的藥物，觀察疣體是否會改善。
4、局部皮膚刺激：長期的局部皮膚摩擦、化學物質刺激等可能引起皮膚良性增生。患者可以在醫生的指導下使用維A酸乳膏、水楊酸軟膏、尿素軟膏來軟化和去除增生物，同時避免刺激因素。
5、隱匿病毒感染：可能存在極少量的HPV病毒，當前檢測手段暫時無法發現。這種情況下，患者應遵醫囑使用氟尿嘧啶軟膏、斑蝥素乳膏，看是否對疣體有治療效果，同時定期復查。
出現這種情況，患者不要自行診斷和用藥。在治療過程中，要注意保持病變部位清潔，避免搔抓，防止破損后引發感染。