何首烏燉雞湯的危害主要來源于何首烏的肝毒性，尤其是生何首烏，但是煮熟的何首烏其毒性會降低許多，一般來說，健康人群適量食用何首烏燉雞湯沒有太大影響。
生何首烏具有一定的肝毒性，而經過九蒸九曬炮制后的何首烏，其肝毒性明顯降低，所以如果何首烏燉雞湯中使用的何首烏為炮制后的何首烏，肝毒性一般比較小，炮制后還可以烏須發、強筋骨、補肝腎，即使是使用的生何首烏，煮熟后其毒性也會有所降低，偶爾食用一般沒有危害。
何首烏具有解毒、消癰、截瘧、潤腸通便等功效，還具有較好的滋補作用，適量食用對身體有一定的益處。雖然煮熟后的何首烏的毒性有所降低，但如果長期大量食用何首烏燉雞湯，仍有可能對肝造成一定的損傷，所以一定要注意控制何首烏的食用量。
由于何首烏具有潤腸通便的功效，大便溏泄以及有濕痰者不適宜食用何首烏燉雞湯，食用后可能會導致病情加重。此外，由于何首烏屬于溫性藥材，并且何首烏燉雞湯具有一定的滋補作用，所以熱性體質的人群也不建議食用，以免加重內熱。