一般情況下，腦干損傷會導致一種神經機能紊亂。具體分析如下：
首先，腦神經損傷最常見，十二對由腦干產生的腦神經損傷，它們的核團分布在中腦、橋腦、延髓等，損傷后會導致眼球運動障礙、周圍性面癱、面部感覺障礙、球麻痹等。其次，病人會有交叉型的麻痹，主要有對側和對側的肢體癱，損傷的部位比較廣泛。嚴重時可出現高熱、意識障礙、強直性發作、中樞性呼吸循環功能不全而致死。