睡覺起來眼睛上有眼屎，好長時間了，可能是病毒性結膜炎、細菌性結膜炎、長時間熬夜等因素引起的，患者可以到醫院就診，查明病因，在醫生指導下對癥治療。具體內容如下：
1.病毒性結膜炎：如果患者身體免疫力低下或者眼睛長期受到化學物品刺激，容易受到病毒感染形成病毒性結膜炎，炎癥刺激下可能會出現睡覺起來眼睛上有眼屎，好長時間了的情況。患者可以在醫生指導下使用阿昔洛韋滴眼液、更昔洛韋滴眼液、鹽酸嗎啉胍滴眼液等藥物進行治療。生活中注意飲食清淡，不吃辛辣刺激性食物。
2.細菌性結膜炎：如果患者經常用手揉搓眼部或者受環境因素影響，可能會遭受細菌感染，引發細菌性結膜炎，造成睡覺起來眼睛上有眼屎，好長時間了的情況。患者可以在醫生指導下使用鹽酸左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素地塞米松滴眼液、硫酸慶大霉素滴眼液等藥物進行治療，生活中注意局部清潔，避免持續感染。
3.長時間熬夜：如果患者用眼過度或者長時間熬夜，會引起結膜代償性分泌過多分泌物，從而會形成睡覺起來眼睛上有眼屎，好長時間了的情況。這屬于正常現象，患者應當注意休息以及保持充足睡眠，一段時間后眼睛就可以恢復。