甲減通常是指甲狀腺功能減退。患有甲狀腺功能減退時，患者小腿肌肉疼得厲害通常是劇烈運動、缺鈣、甲狀腺激素不足等因素導致的，需要對癥進行處理。
1、劇烈運動：劇烈運動后，乳酸會在小腿處堆積，無法及時排出，就有可能導致小腿肌肉酸脹、疼痛。建議患者要注意控制運動強度，不要劇烈運動，要多注意休息，可以適當按摩。
2、缺鈣：如果患者經常挑食、偏食，就有可能導致體內缺鈣，導致全身骨骼肌的興奮性增高，導致肌肉痙攣，引起劇烈疼痛。建議遵醫囑使用牡蠣碳酸鈣片、葡萄糖酸鈣片等藥物來補鈣，能緩解肌肉痙攣，減輕疼痛。
3、甲狀腺激素不足：患有甲狀腺功能減退時，體內分泌的甲狀腺激素減少，黏多糖堆積在皮下及組織，導致細胞膜被破壞，就會引起全身疼痛，患者也會感覺到小腿肌肉有疼痛感。建議遵醫囑使用左甲狀腺素鈉片、甲狀腺片等藥物來治療，使甲狀腺激素水平恢復正常。
此外，骨關節炎、跟腱炎、類風濕關節炎、腰椎間盤突出癥等因素也有可能導致上述現象，建議患者及時就醫檢查，針對病因進行治療。