通常情況下，大蒜底部發霉發芽了不能吃，可能會引起食物中毒。具體分析如下：
百合科蔥屬植物蒜的鱗莖，通常在溫度適宜的情況下會逐漸的發芽，隨后長出葉子，如果是正常種植，發芽生長之后可以正常食用，而且口感也比較好；但是大蒜存放不當可能會導致發霉，大蒜表面發霉后可能會攜帶大量霉菌菌絲，毒素不僅存在于發霉的位置，還會擴散到整顆大蒜，所以大蒜底部發霉發芽了不能吃，可能會引起食物中毒，出現急性腹瀉、腹痛等癥狀，不利于身體健康。
如果不小心吃了底部發霉發芽的大蒜出現不良癥狀，建議患者第一時間前往醫院就診治療。