多重耐藥菌通常是指是指具有多重耐藥性的細菌，較為明確的定義為對三類或三類以上抗菌藥物同時耐藥的細菌。通常與濫用抗生素、細菌發生變異相關，當細菌發生多重耐藥時，會導致抗感染效果下降，不利于患者疾病恢復，還可能會增加患者的病死率。
1、濫用抗生素：在抗生素作用于細菌、病毒等微生物時，大部分敏感微生物可以被殺死，而另一部分未被殺滅的微生物由于基因中存在抗藥基因，因此存活并繁殖，將抗藥基因傳遞給下一代，因此發生耐藥。當濫用抗生素種類增多時，含有多種抗藥基因的微生物存活，因此導致多重耐藥菌的存活與繁殖；
2、細菌變異：多重耐藥菌的產生是被人類強化的自然現象。細菌的生命周期短，發育迅速，容易通過突變產生新的耐藥基因，且不同細菌之間可通過質粒傳遞耐藥基因，進而可出現多重耐藥菌。
如果出現多重耐藥菌，可能會引起嚴重的細菌感染，感染后通常比較難醫治。因此建議患者在日常生活中，若出現不適癥狀，建議避免隨意使用抗生素，以免導致此現象發生。