北板藍根和南板藍根有所區別，通常情況下來源、藥物成分和性狀都有所不同，北板藍根和南板藍根在功效和藥性方面基本上也有相同之處，都能夠達到清熱解毒涼血和利咽功效，對于外感發熱、咽喉腫痛等臨床癥狀，能夠起到顯著的治療效果。
1、來源不同：
通常情況下北板藍根和南板藍根兩種藥物的來源有明顯的不同，一般來說兩者主要是兩個地方所生產的板藍根藥物。
2、藥物成分不同：
北板藍根含有芥子苷、靛藍、靛玉紅等，南板藍根則不含芥子苷，北板藍根和南板藍根藥物成分，通常情況下有一定的區別。
3、性狀不同：
板藍根是一種來自于十字花科植物菘藍，北板藍根是呈圓柱形，藥物本身味道比較淡，一般在品嘗的過程當中，可能還會嘗出一股略甜帶苦色味道，里面的游離氨基酸比較高，南板藍根呈現近似的圓柱形，通常情況下在品嘗的過程當中會有淡淡的味道，里面的化學成分相對來說比較少。