黑咖啡會刺激大腦系統，加速胃腸道蠕動，從而促進排便。此外黑咖啡還具有減緩大腦和肌肉的疲勞的作用，但是不可大量喝，否則會導致便秘。
黑咖啡含有多種營養成分，有助于維持人體內環境的穩定，黑咖啡中的咖啡因可以刺激大腦的中樞神經系統。大腦中樞神經系統的興奮，可以使胃腸神經興奮性增加，刺激胃腸道分泌胃酸，促進消化，從而進一步加速胃腸道的蠕動。胃腸道蠕動速度的增加將促進腸道內糞便向下運動，從而起到排便作用。
黑咖啡含有大量咖啡因，可以刺激神經、呼吸系統，因此適量喝黑咖啡可以提神醒腦，減緩大腦和肌肉的疲勞。另外黑咖啡含有一定量的單寧酸，當單寧酸進入人體胃內時，很容易與胃內容物中的可溶性蛋白質結合，形成難以消化的物質。這些不易消化的物質會增加腸道的消化負荷，并影響腸道的正常蠕動，因此大量喝咖啡也可能引起便秘癥狀。
在日常生活中，喝咖啡要適量，避免產生不良反應。而且不要空腹喝黑咖啡，容易使胃酸分泌增多，胃腸蠕動加速，導致腸胃不適，出現腹痛、腹脹等癥狀。