脂溶性輔酶Q10和水溶性輔酶Q10的區別在于藥物的吸收速度，輔酶Q10脂溶性比水溶性吸收更快，更容易快速發揮藥物作用，患者應在醫生指導下根據自身情況選擇藥物。
輔酶Q10屬于一種抗氧化劑，包括脂溶性以及水溶性兩種，具有抗心肌缺血、抗心律失常、抗心衰等作用，可用于病毒性心肌炎、病毒性肝炎、慢性心功能不全等疾病的輔助治療，也適用于癌癥的綜合治療，可以減輕放、化療引發的不良反應。
由于脂溶性輔酶Q10本身屬于脂溶性，可吸收物質主要通過主動轉運方式，因此易被吸收。而水溶性僅可以溶于水，因此吸收速度會相對較慢，同時藥物在體內停留時間較長，因此藥物吸收時間較長。
此外，輔酶Q10還可針對阿奇霉素的毒性作用產生抵抗，減輕癥狀，遵醫囑使用還可減輕冠心病等心臟疾病導致的心絞痛，心電圖檢查有所改善。癌癥患者做放、化療后，可出現惡心、嘔吐等，遵醫囑聯合使用輔酶Q10可有所緩解。
但使用輔酶Q10也可引發惡心、胃部不適、食欲減退等不良反應，一般不需要停藥，經過一段時間用藥后大多可以適應。注意應當遵醫囑按量、按療程使用，以免過量用藥而增加藥物不良反應。