蘋果核含有氫氰酸，這種成分對人體有一定毒性，如果氫氰酸大量被人體攝入，會導致患者出現頭暈、頭痛、惡心、嘔吐、呼吸頻率加快等癥狀，中毒嚴重時會導致昏迷或休克。所以蘋果核具有一定的毒性，但是單個蘋果核中含有的氫氰酸劑量較少，通常不會引起明顯的毒性反應，若不慎誤食了蘋果核，不必太過擔心。
蘋果當中含有豐富的果膠、維生素、多酚和黃酮類物質，適當食用蘋果，可補充人體所必需的微量元素及礦物質，但是不建議吃蘋果時，將蘋果核一同食用。因為蘋果核質地較硬，不易被胃腸道正常消化，容易引起腹脹等不適癥狀。同時蘋果皮中膳食纖維較多，大量食用后不易消化，對于胃腸道功能不全者，吃蘋果時應注意將果皮削掉，對于果肉要細嚼慢咽，避免引起腹脹、腹痛等消化不良的癥狀，或者將蘋果煮熟后食用，有利于胃腸道的消化，促進營養物質的吸收。